Black Mesa

La trama di Black Mesa è quasi identica a quella di Half-Life, giocabile attraverso il capitolo "Lambda Core". Come nell'originale, controlli Gordon Freeman, uno scienziato che lavora presso la Black Mesa Research Facility. Gli viene affidato il compito di posizionare un campione di materiale strano in uno strumento elettromagnetico, utilizzando la tuta Hazardous Environment Suit Mark IV per operare in sicurezza. Tuttavia, il campione scatena una "cascata di risonanza", devastando la struttura e creando una fenditura interdimensionale verso una dimensione aliena chiamata Xen, portando i suoi abitanti alieni sulla Terra. Freeman sopravvive, trova altri superstiti e si dirige verso la superficie con la protezione della sua tuta per chiedere aiuto. Tuttavia, una volta raggiunta la superficie, scopre che la struttura viene depurata da ogni forma di vita – umana o aliena – da forze armate. Da altri scienziati, Freeman apprende che l'unico modo per fermare l'invasione aliena è attraversare il portale verso Xen e distruggere l'entità che lo tiene aperto.