Black Mesa

La trama de Black Mesa es casi idéntica a la historia original de Half-Life, jugable a través del capítulo "Lambda Core". Como en el juego original, el jugador controla a Gordon Freeman, un científico que trabaja en la Instalación de Investigación Black Mesa. Su tarea es colocar una muestra de un material extraño en un instrumento electromagnético, usando el traje de entorno peligroso Hazardous Environment Suit Mark IV para hacerlo de manera segura. Sin embargo, la muestra del material causa una "cascada de resonancia", devastando la instalación y creando una grieta interdimensional hacia una dimensión alienígena llamada Xen, trayendo sus criaturas a la Tierra. Freeman sobrevive, encuentra a otros supervivientes y se dirige a la superficie con la protección de su traje de peligro para pedir ayuda. Al llegar a la superficie, sin embargo, descubre que la instalación está siendo limpiada de cualquier forma de vida —humana o alienígena— por fuerzas armadas. De otros científicos, Freeman descubre que la única forma de detener la invasión alienígena es cruzar hacia Xen y destruir la entidad que mantiene el portal abierto.