Black Mesa

Het verhaal van Black Mesa is bijna identiek aan dat van Half-Life, speelbaar via het hoofdstuk "Lambda Core". Net als in het originele spel neem je de rol aan van Gordon Freeman, een wetenschapper die werkt in het Black Mesa Research Facility. Zijn taak is om een monster van een vreemd materiaal te plaatsen in een elektromagnetisch apparaat, gebruikmakend van de Hazardous Environment Suit Mark IV. Het monster veroorzaakt echter een "resonantiekettingreactie", die het hele complex verwoest en een interdimensionele poort opent naar een vreemde dimensie genaamd Xen, waardoor buitenaardse wezens op aarde terechtkomen. Freeman overleeft, vindt andere overlevenden en werkt zich naar het oppervlak met de bescherming van zijn gevaarsuitrusting om hulp te zoeken. Eens bovengronds ontdekt hij echter dat het complex wordt ontdaan van alle levende wezens – mensen en buitenaardse wezens – door bewapende troepen. Van andere wetenschappers verneemt Freeman dat de enige manier om de buitenaardse invasie te stoppen is door over te steken naar Xen en de entiteit te vernietigen die de poort openhoudt.