Sonic Advance 3

Voorafgaand aan de gebeurtenissen in het spel bouwt Dr. Eggman een robotassistent genaamd Gemerl, gemaakt van onderdelen van de robot Emerl die vernietigd werd in Sonic Battle. Eggman probeert een experiment uit met de Chaos Smerissen om de Chaos Control-techniek toe te passen, maar het mislukt en scheurt de wereld in stukken. Deze actie scheidt Sonic en Tails van Amy, Knuckles en Cream, die allemaal door Eggman worden gevangen en bedoeld zijn om een deel van zijn opkomende imperium te vormen op elk stuk van de planeet. Sonic en Tails reizen door de zeven levels van het spel om hun vrienden te bevrijden en de Smerissen terug te winnen. De finale bossgevecht vindt plaats in de Altar Emerald-tempel. Als de speler Eggman daar verslaat zonder alle zeven Chaos Smerissen, vluchten Eggman en Gemerl en vallen van de rand van de tempel. Vrede wordt hersteld in de wereld, en Omochao maakt een foto van de vijf helden. Het spel waarschuwt de speler echter dat de Smerissen nog steeds verzameld moeten worden voor het ware einde. Als de speler Eggman in de tempel verslaat met alle Chaos Smerissen, houdt Gemerl op te vluchten met Eggman en valt Sonic aan, waardoor de Smerissen verspreid raken. Gemerl gebruikt ze om een enorme, bolvormige gedaante aan te nemen, maar Sonic gebruikt ook hun kracht om zijn Super Sonic-gedaante aan te nemen. Met de hulp van Eggman vernietigt Super Sonic Gemerl. Later vindt Tails het gebroken lichaam van Gemerl op het strand, repareert en herprogrammeert het. Het spel eindigt met Cream die speelt met de nu niet-agressieve Gemerl in het huis van haar moeder, Vanilla.