Sonic Advance 3

Vor den Ereignissen des Spiels baut Dr. Eggman einen Roboterassistenten namens Gemerl, indem er Teile des im Sonic Battle zerstörten Roboters Emerl verwendet. Eggman versucht ein Experiment mit den Chaos-Smaragden, um die Chaos-Control-Technik anzuwenden, doch es schlägt fehl und reißt die Welt entzwei. Dadurch werden Sonic und Tails von Amy, Knuckles und Cream getrennt, die Eggman findet und gefangen nimmt, um auf jedem Stück des Planeten ein Segment seines aufstrebenden Imperiums zu errichten. Sonic und Tails reisen durch die sieben Levels des Spiels, um ihre Freunde zu befreien und die Smaragde zurückzuholen. Der finale Boss-Kampf findet im Tempel der Altar-Smaragd statt. Besiegt der Spieler Eggman dort ohne alle sieben Chaos-Smaragde, fliehen Eggman und Gemerl und stürzen vom Rand des Tempels. Der Frieden kehrt in die Welt zurück, und Omochao macht ein Foto der fünf Helden. Das Spiel warnt den Spieler jedoch, dass die Smaragde für das wahre Ende noch gesammelt werden müssen. Besiegt der Spieler Eggman im Tempel mit allen Chaos-Smaragden, hört Gemerl auf, mit Eggman zu fliehen, und greift stattdessen Sonic an, wodurch die Smaragde verstreut werden. Gemerl nutzt sie, um eine riesige, kugelförmige Gestalt anzunehmen, doch Sonic nutzt ebenfalls ihre Kraft, um seine Super-Sonic-Form zu erreichen. Mit Eggmans Hilfe zerstört Super Sonic Gemerl. Später findet Tails den zerbrochenen Körper von Gemerl am Strand, repariert und reprogrammiert ihn. Das Spiel endet damit, dass Cream mit dem nun nicht mehr aggressiven Gemerl im Haus ihrer Mutter Vanilla spielt.