NIER

Het spel begint met een proloog in de zomer van 2049 tijdens een sneeuwstorm. In een moderne, vervallen supermarkt verdedigt NIER (Jamieson Price) zich tegen aanvallen van ethere monsters om zijn zieke jonge dochter, Yonah (Heather Hogan), te beschermen. Na de monsters verslagen te hebben, controleert hij Yonah, die begint met hevige hoestbuien. Het spel springt vervolgens 1.312 jaar verder, waar de speler dezelfde twee personages ziet, nu levend in een dorp gebouwd op de ruïnes van een oude stad. Het laagtechnologische dorp is een van meerdere en wordt omringd door modernere ruïnes, zoals overblijfselen van spoorlijnen en industriële machines. De gebieden tussen de dorpen zijn gevuld met monsters, bekend als Shades, die reizigers aanvallen. Omdat Yonah's ziekte, het Black Scrawl-virus, dodelijk is, vertrekt NIER op zoek naar een geneesmiddel. Onderweg vindt hij een pratend boek, Grimoire Weiss (Liam O'Brien), dat suggereert dat ze samenwerken om zijn magie te gebruiken en een remedie te vinden voor Yonah's ziekte. Tijdens hun zoektocht ontmoeten ze Kainé (Laura Bailey), een vuurspuwende zwaardvechter met een scherp tongval, en Emil (Julie Ann Taylor), een jongen met een blinddoek die iedereen die hij aankijkt versteinend. Na enige tijd wordt het dorp aangevallen door een reusachtige Shade; het gevecht culmineert erin dat Yonah wordt meegenomen door een meester Shade die plotseling verschijnt – de Shadowlord – die zijn eigen boek, Grimoire Noir, bij zich draagt. Vijf jaar later probeert NIER en zijn groep de onderdelen van een sleutel te vinden die hen zou helpen de Shadowlord en Grimoire Noir te lokaliseren. Na vijf Shades verslagen te hebben en de sleutel te hebben samengesteld, reizen ze naar de Shadowlord. Daar verschijnen Devola en Popola (beiden ingesproken door Eden Riegel), personages die NIER tot nu toe hebben begeleid, om hen te stoppen. Ze verklaren dat meer dan 1300 jaar eerder de mensheid met uitsterven werd geconfronteerd door een ongeneeslijke ziekte. In een poging te overleven scheidden ze hun zielen van hun lichamen met behulp van Grimoire Noir en Weiss. Ze creëerden klonen die resistent waren tegen de ziekte, Replicants, en hadden de intentie om de zielen, of Gestalts, weer te combineren met de Replicant-lichamen nadat de ziekte was uitgeroeid; Devola en Popola waren androiden die het project moesten begeleiden. Met de tijd begonnen de Replicants hun eigen identiteit te vormen, terwijl de Gestalts, of Shades, agressiever tegenover hen werden. NIER verslaat het duo, waarbij Emil zich opoffert om de vorderingen van zijn vrienden te garanderen. De overgebleven groep verslaat vervolgens de Shadowlord, en de speler ontdekt dat hij de Gestalt-vorm is van de NIER uit de proloog. Gedreven om zijn Yonah te beschermen, was hij de eerste Gestalt en heeft hij haar gecombineerd met de Replicant-Yonah. De originele Yonah vertelt echter aan de Gestalt-NIER dat ze de nieuwe Yonah in zich kan horen, en dat ze de Replicant-NIER liefheeft en het lichaam net zozeer verdient. Ze verlaat het lichaam, en NIER en Yonah zijn herenigd. Als de speler het spel opnieuw speelt, begint het net na de vijf jaar overslaan. Ze leren over Kainé's verleden, waaronder dat ze intersekse is, wat samen met de dood van haar ouders leidde tot haar uitsluiting als kind, en dat ze gedeeltelijk bezit is van een Shade. De speler krijgt de mogelijkheid om te begrijpen wat de Shades zeggen, inclusief diegene die Kainé bezit, hoewel in-game NIER, Weiss en Emil dit nog steeds niet kunnen. Extra cutscenes tonen ook de motivaties en achtergrondverhalen van de Shade-baasjes die worden gevochten en laten ze zien als bewuste mensen die proberen hun vrienden te verdedigen tegen NIER. De afloop van de tweede doorkomst toont dat Emil zijn opoffering overleeft, en dat Gestalt-NIER en Yonah in het hiernamaals herenigd worden. Een derde doorkomst biedt de speler een keuze in de afloop om Kainé te redden, die in pijn lijkt te sterven; NIER kan haar doden om haar lijden te beëindigen, of zijn leven opofferen voor haar. De laatste keuze verwijdert niet alleen alle herinneringen aan hem uit de gedachten van de andere personages, zoals wordt getoond in een laatste cutscene, maar verwijdert ook alle opgeslagen vooruitgang van de speler, alsof het spel nooit gespeeld was. Bovendien, als de speler een nieuw spel wil beginnen, zal hij de zelfde naam niet kunnen gebruiken die eerder werd gekozen voor de NIER-personage.