NIER

Il gioco inizia con un prologo nell'estate del 2049, durante una tempesta di neve. In un supermercato moderno ma fatiscente, NIER (Jamieson Price) respinge gli attacchi di mostri eterei per proteggere la figlia malata, Yonah (Heather Hogan). Dopo aver sconfitto i mostri, controlla Yonah, che inizia a tossire gravemente. La storia poi salta a 1.312 anni dopo, dove il giocatore vede ciò che sembra essere le stesse due figure, ora abitanti di un villaggio costruito sulle rovine di una città antica. Il villaggio a bassa tecnologia è uno tra tanti, circondato da rovine più moderne come resti di binari ferroviari e macchinari industriali. Le aree tra i villaggi sono popolate da mostri chiamati Shades, che attaccano i viaggiatori. Poiché la malattia di Yonah, il Black Scrawl, è terminale, NIER parte alla ricerca di una cura. Durante il viaggio, trova un libro parlante, Grimoire Weiss (Liam O'Brien), che gli suggerisce di unirsi a lui per usare la magia di Weiss e trovare una cura per la malattia di Yonah. Nel corso della ricerca, incontrano Kainé (Laura Bailey), una guerriera dal carattere irascibile e dalla lingua tagliente, e Emil (Julie Ann Taylor), un ragazzo bendato i cui occhi pietrificano chiunque guardi. Dopo un viaggio, il villaggio viene attaccato da uno Shade gigante; la battaglia culmina con Yonah rapita da un maestro Shade che appare improvvisamente: il Shadowlord, che porta con sé un altro libro, Grimoire Noir. La storia poi salta di cinque anni avanti. NIER e i suoi compagni cercano di trovare i pezzi di una chiave che credono possa aiutarli a localizzare il Shadowlord e Grimoire Noir. Dopo aver sconfitto cinque Shades e assemblato la chiave, il gruppo affronta il Shadowlord. Qui compaiono Devola e Popola (entrambe doppiate da Eden Riegel), personaggi che hanno guidato NIER nella sua missione, per cercare di fermarli. Spiegano che oltre 1.300 anni prima, l'umanità aveva affrontato l'estinzione a causa di una malattia incurabile. Per sopravvivere, avevano separato le loro anime dai loro corpi usando Grimoire Noir e Weiss. Avevano creato cloni resistenti alla malattia, i Replicanti, e avevano intenzione di ricombinare le anime, o Gestalts, con i corpi dei Replicanti una volta che la malattia fosse scomparsa; Devola e Popola erano androidi incaricati di supervisionare il progetto. Con il tempo, i Replicanti avevano iniziato a sviluppare le proprie identità, mentre i Gestalts, o Shades, erano diventati aggressivi nei loro confronti. NIER sconfigge la coppia, con Emil che si sacrifica per assicurare il progresso dei suoi amici. Il gruppo rimanente sconfigge il Shadowlord, e il giocatore scopre che lui è la forma Gestalt di NIER dal prologo. Spinto a proteggere Yonah, era stato il primo Gestalt e aveva combinato la sua anima con quella del Replicante Yonah. Tuttavia, la vera Yonah dice al Gestalt NIER che può sentire la nuova Yonah dentro di sé, e che ama il NIER Replicante e merita il corpo quanto lei. Lei lascia il corpo, e NIER e Yonah sono finalmente riuniti. Se il giocatore ricomincia il gioco, la storia riprende subito dopo il salto di cinque anni. Si scopre il passato di Kainé, tra cui il fatto che sia intersessuale, il che, insieme alla morte dei suoi genitori, l'ha portata all'emarginazione da bambina, e che sia parzialmente posseduta da uno Shade. Il giocatore ottiene la capacità di capire cosa dicono gli Shades, compreso quello che possiede Kainé, anche se in gioco NIER, Weiss ed Emil non riescono ancora a farlo. Ulteriori scene aggiuntive mostrano le motivazioni e il retroterra degli Shades boss che vengono combattuti, mostrandoli come persone senzienti che cercano di difendere i loro amici contro NIER. La fine del secondo tentativo mostra che Emil sopravvive al suo sacrificio, e che Gestalt NIER e Yonah si riuniscono nell'aldilà. Un terzo tentativo presenta al giocatore una scelta nella fine: salvare Kainé, che è vista morire in agonia; NIER può decidere di ucciderla per porre fine alle sue sofferenze, oppure sacrificare la propria vita per lei. La seconda scelta non solo cancella ogni memoria di lui dalle menti degli altri personaggi, mostrato in una scena finale, ma cancella anche tutti i progressi salvati del giocatore, come se il gioco non fosse mai stato giocato. Inoltre, se il giocatore vuole iniziare una nuova partita, non potrà usare lo stesso nome scelto per il personaggio NIER nel precedente tentativo.