Jak II

Net als in Jak and Daxter: The Precursor Legacy begint het spel met een toespraak van Samos Hagai. Jak, Daxter, Samos en Keira zijn bezig om de rift rider te activeren, het voorouderlijke apparaat verborgen achter de grote deur aan het einde van The Precursor Legacy, en de bijbehorende riftpoort. Wanneer de poort geactiveerd wordt, stapt een grote figuur eruit, vergezeld van een zwerm wezens. Jak paniekt en activeert de rift rider, die de groep door de poort schiet. Terwijl ze door de rift reizen, wordt de rider vernietigd. De groep valt uit de rift en wordt gescheiden, maar belandt allemaal in Haven City. Jak en Daxter landen en worden direct geïdentificeerd door een patrouille van de Krimzon Guard, geleid door kapitein Erol. Jak wordt in hechtenis genomen, terwijl Daxter belooft hem te redden (zie de gebeurtenissen in Daxter). Twee jaar later zit Jak in de Fortress, waar hij het onderwerp is geweest van een supersoldatenprogramma. Zijn lichaam is gevuld met donker eco. Erol en Baron Praxis zijn ook aanwezig. Ze verklaren het 'Dark Warrior Program' een mislukking. Ze vertrekken net toen Daxter arriveert om Jak te redden. Terwijl Daxter met de belemmeringen rommelt, transformeert Jak zich tot het uiteindelijke doel van het Dark Warrior Program: Dark Jak. Hij breekt de banden en keert terug naar normaal, nadat hij zijn eerste woorden heeft gesproken: „Ik ga Praxis doden!“. Het duo ontsnapt vervolgens uit de vesting naar Haven City.