Jak II

Comme dans Jak and Daxter: The Precursor Legacy, le jeu commence par un discours de Samos Hagai. Jak, Daxter, Samos et Keira sont en train d'activer le Rift Rider, un dispositif précurseur caché derrière la grande porte à la fin de Precursor Legacy, ainsi que la porte de rift qui l'accompagne. Une fois la porte activée, une grande silhouette en émerge, accompagnée d'une nuée de créatures. Jak panique et active le Rift Rider, propulsant le groupe à travers la porte. Alors qu'ils voyagent à travers le rift, le Rift Rider est détruit. Le groupe tombe hors du rift et se sépare, bien qu'ils se retrouvent tous à Haven City. Jak et Daxter atterrissent et sont immédiatement identifiés par une patrouille de la Krimzon Guard, dirigée par le capitaine Erol. Jak est arrêté, tandis que Daxter promet de le sauver (voir les événements de Daxter). Deux ans plus tard, Jak est dans la Fortress, où il a été le sujet d'un programme de super-soldat. Son corps a été infusé d'eco sombre. Erol et le Baron Praxis sont présents. Ils déclarent le programme Dark Warrior un échec. Ils partent juste au moment où Daxter apparaît pour sauver Jak. Alors que Daxter manipule les entraves, Jak se transforme en l'objectif ultime du programme Dark Warrior, le Dark Jak. Il brise ses liens et revient à la normale après avoir prononcé ses premiers mots : « Je vais tuer Praxis ! ». Le duo s'échappe ensuite de la forteresse vers Haven City.