Mega Man 9

É o ano de 20XX. Desde a última derrota do Dr. Wily, o Blue Bomber viveu em paz. Quando as pessoas já tinham esquecido o Dr. Wily, robôs em todo o mundo começaram a agir de forma caótica. Rapidamente ficou claro que esses robôs tinham sido criados pelo Dr. Light. À medida que chamadas telefónicas inundavam o laboratório do Light, o Dr. Wily interrompeu todos os programas de televisão para anunciar que não estava por trás das revoltas robóticas. Em seguida, mostrou provas em vídeo que incriminavam o Dr. Light nos recentes distúrbios violentos. Para piorar as coisas, Wily revelou o número da sua conta bancária pessoal e anunciou que aceitaria doações para construir o seu próprio exército robótico, a fim de contra-atacar o do Light. Mega Man ofereceu-se imediatamente para limpar o nome de Light e foi enviado para investigar a origem do problema. Não demorou muito até que a polícia chegasse ao Light Labs para prender o bom doutor, que, no entanto, foi pacificamente com eles para provar a sua inocência. Enquanto isso, Mega Man partiu em direção aos Robot Masters e, após derrotar alguns deles, descobriu que estavam programados para serem desativados e enviados para o ferro-velho, pois tinham atingido a data de validade atribuída pelo governo. Após a derrota do último Robot Master, Mega Man trouxe uma das unidades de memória interna de um robô para Auto analisar. Como se descobriu, o Dr. Wily tinha reprogramado os robôs, que estavam agendados para demolição, para se revoltarem contra os seus mestres humanos em vez de serem destruídos. Tudo o que os robôs queriam era ter um propósito e, certamente, não queriam acabar no ferro-velho. Após verem o vídeo, o Dr. Wily irrompeu no laboratório, roubou o circuito de memória e retirou-se para o seu recém-construído Castelo Wily. Mega Man percorreu o forte, lutando contra poderosos robôs construídos com o dinheiro que Wily recebeu das doações daqueles preocupados com as revoltas robóticas. No final, Mega Man derrotou Wily mais uma vez e mostrou-lhe imagens de cada derrota que lhe infligiu. Embora Wily parecesse arrependido e contrito, enganou Mega Man, fazendo-o acreditar que o Dr. Light estava, de facto, preso numa cela no quarto ao lado. Apesar do aviso do Proto Man de que era uma armadilha, Mega Man foi investigar a cela e foi eletrocutado por um disfarce do Dr. Light que estava lá dentro. Enquanto o laboratório de Wily se autodestruía, Proto Man regressou e teletransportou Mega Man para fora do laboratório a tempo. No final, Light foi libertado da prisão. Em seguida, encontrou usos úteis para todos os Robot Masters que tinha projetado e que tinham atingido a data de validade. Embora o final afirme que o Dr. Wily não foi encontrado depois da destruição da sua base, nos créditos vemos o Concrete Man a persegui-lo.