Mega Man 9

Het jaar is 20XX. Sinds Dr. Wily's laatste nederlaag heerste er vrede, totdat robots over de hele wereld in opstand kwamen. Blijkbaar waren deze robots gemaakt door Dr. Light. Terwijl telefoontjes naar Light's lab binnenstormden, onderbrak Dr. Wily alle televisieprogramma's om te verklaren dat hij niets met de robotrellen van doen had. Hij toonde bewijsmateriaal dat Dr. Light betrokken was bij de recente gewelddadige uitbarstingen. Om het erger te maken, gaf Wily het rekeningnummer van zijn persoonlijke bankrekening en kondigde aan dat hij donaties zou accepteren om zijn eigen robotleger te bouwen om dat van Light te bestrijden. Mega Man meldde zich direct aan om Light's naam te zuiveren en vertrok om de oorzaak van het probleem te onderzoeken. Niet lang daarna kwamen de politieagenten naar Light Labs om de dokter te arresteren, maar Light ging rustig mee om zijn onschuld te bewijzen. Ondertussen zette Mega Man de Robot Masters op hun spoor en ontdekte, nadat hij er een paar had verslagen, dat deze robots gepland stonden om buiten gebruik te worden gesteld en naar de schroothopen te gaan omdat ze hun door de overheid gestelde vervaldatum hadden bereikt. Na het uitschakelen van de laatste Robot Master bracht Mega Man een van de interne geheugenmodules van een robot naar Auto voor onderzoek. Het bleek dat Dr. Wily de robots, die voor sloop bestemd waren, had herschreven om zich te keren tegen hun menselijke meesters in plaats van vernietigd te worden. De robots wilden gewoon een doel en zeker niet naar de schroothopen. Na het bekijken van de video, stormde Dr. Wily hun lab binnen, stal de geheugenmodule en trok zich terug in zijn nieuw gebouwde Wily Castle. Mega Man vocht zich een weg door het fort, waar hij krachtige robots tegenkwam, gebouwd met het geld dat Wily had ontvangen van donateurs die zich zorgen maakten over de robotrellen. Uiteindelijk versloeg Mega Man Wily opnieuw en liet hem beelden zien van elke nederlaag die hij hem had toegebracht. Hoewel Wily berouwvol en berouwvol leek, lokte hij Mega Man ertoe te denken dat Dr. Light inderdaad gevangen zat in een cel in de volgende kamer. Ondanks de waarschuwing van Proto Man ging Mega Man het celblok onderzoeken en werd geëlektrocuteerd door een Dr. Light-nep die in de cel zat. Terwijl Wily's lab zelfvernietigde, keerde Proto Man terug en teleporteerde Mega Man net op tijd uit het lab. Uiteindelijk werd Light uit de gevangenis vrijgelaten. Hij vond nuttige doelen voor alle Robot Masters die hij had ontworpen en die hun vervaldatum hadden bereikt. Hoewel de afsluiter aangeeft dat Dr. Wily nergens te vinden was na de vernietiging van zijn basis, tonen de aftitels Concrete Man die hem achtervolgt.