Mega Man 9

El año es 20XX. Tras la última derrota de Dr. Wily, el Blue Bomber vivió una época de paz. Justo cuando la gente había olvidado todo sobre Dr. Wily, robots en todo el mundo comenzaron a volverse locos. Pronto quedó claro que esos robots eran creaciones de Dr. Light. Mientras las llamadas inundaban el laboratorio de Light, Dr. Wily interrumpió todos los programas de televisión para anunciar que esos disturbios robóticos no eran obra suya. Luego mostró pruebas en video que demostraban la participación de Dr. Light en los recientes brotes de violencia. Para empeorar las cosas, Wily dio el número de su cuenta bancaria personal y anunció que aceptaría donaciones para construir su propio ejército de robots para contrarrestar el de Light. Mega Man se ofreció rápidamente para limpiar el nombre de Light y fue enviado a investigar el origen del problema. No pasó mucho tiempo antes de que la policía llegara a Light Labs para arrestar al doctor, pero Light se fue tranquilamente para probar su inocencia. Mientras tanto, Mega Man se enfrentó a los Robot Masters y, tras derrotar a algunos de ellos, descubrió que estaban programados para ser desmantelados y enviados al chatarrero porque habían alcanzado la fecha de caducidad asignada por el gobierno. Una vez que el último Robot Master fue derrotado, Mega Man llevó de vuelta una unidad de memoria interna del robot a Auto para su investigación. Resultó que Dr. Wily había reprogramado a los robots, que estaban programados para ser demolidos, para que se rebelaran contra sus amos humanos en lugar de ser destruidos. Todos los robots solo querían tener un propósito y, desde luego, no querían terminar en el vertedero. Tras ver el video, Dr. Wily irrumpió en su laboratorio y robó el circuito de memoria, retirándose luego a su recién construido Castillo Wily. Mega Man avanzó a través de la fortaleza, luchando contra poderosos robots construidos con el dinero que Wily recibió de las donaciones de quienes se preocupaban por los disturbios robóticos. Al final, Mega Man derrotó nuevamente a Wily y le mostró imágenes de cada una de las derrotas que le había infligido. Aunque Wily parecía arrepentido y disculpado, lo engañó para que creyera que Dr. Light estaba, de hecho, encarcelado en una celda en la habitación de al lado. Aunque Proto Man lo advirtió que era una trampa, Mega Man fue a investigar la celda y fue electrocutado por el disfraz de Dr. Light que había en ella. Mientras el laboratorio de Wily se autodestruía, Proto Man regresó y teletransportó a Mega Man fuera del laboratorio justo a tiempo. Al final, Light fue liberado de la prisión. Luego encontró usos útiles para todos los Robot Masters que había diseñado y que habían alcanzado su fecha de caducidad. Aunque el final afirma que Dr. Wily no fue encontrado después de la destrucción de su base, los créditos muestran a Concrete Man persiguiéndolo.