Rogue Trooper

Het verhaal speelt zich af op de planeet Nu-Earth, die gevangen zit in de zwaartekracht van twee zonnen en een zwart gat (gebruikt door de Southers om zich te verplaatsen naar hun ruimtestation hoofdkwartier), waar een eeuwige oorlog tussen de Norts en Southers woedt, waarbij miljoenen zijn omgekomen. Tijdens de oorlog zijn alle vormen van chemische en biologische wapens gebruikt, waardoor de planeet vergiftigd raakte, en de troepen van beide zijden moeten leven in afgesloten steden en durven alleen buiten als ze een beschermende pak dragen, bekend als een "bio-pak". De Southers hebben, door middel van genetische manipulatie (uitgevoerd door zogenaamde "genie-genetici"), een ras van krijgers ontwikkeld dat immuun is voor de dodelijke atmosfeer en daarmee superieure troepen zal zijn, de genetische infanterie. Alle G.I.'s werden immuun gemaakt voor alle gifstoffen, ziekten en zuren (behalve één). De Souther High Command deplooi hun geheimzinnige wapen in een luchtaanval, maar een verrader heeft het geheim van de G.I.'s aan de Norts verraden en ze worden gemassacreerd tijdens de landing. Dit is bekend als de Kvarts Zone Massacre. Rogue, schijnbaar de enige overlevende G.I. (tot hij Venus Bluegenes ontmoet), desertseert om de verraderlijke generaal die verantwoordelijk is te vinden en wraak te nemen voor de andere G.I.'s. Onderweg dwarsboomt hij talrijke Nort-plannen, vernietigt enkele van de hoogste functionarissen van Nort-land, zoals Grand Admiral Hoffa en Sergeant-Kaptain Natashov. Alle G.I.'s hebben een biochip geïmplanteerd in de schedel die hun persoonlijkheidskenmerken, herinneringen en bewustzijn bevat. Na de dood van een G.I. kan de biochip worden geplaatst in een slot in het uitrusting of wapen van een andere G.I., waardoor hij het kan controleren. De biochip kan later worden geplaatst in een nieuw lichaam, waardoor de gevallen G.I. kan herboren worden. Een citaat luidt: "We zijn genetische infanterie – zelfs als we dood zijn, ontsnappen we niet aan de oorlog."