Rogue Trooper

La historia transcurre en el planeta Nu-Tierra, atrapado en las fuerzas gravitacionales de dos soles y un agujero negro (usado por los Southers para teletransportarse a su estación de mando en el espacio), donde una guerra perpetua entre los Norts y los Southers ha cobrado millones de vidas. Durante el conflicto, ambas facciones han utilizado armas químicas y biológicas, envenenando el planeta, y las tropas de ambos bandos deben vivir en ciudades selladas y solo aventurarse al exterior con trajes de protección conocidos como "traje bio". Los Southers, mediante ingeniería genética (realizada por los llamados "genios genéticos"), han desarrollado una raza de guerreros inmunes a la atmósfera letal, convirtiéndose así en tropas superiores: la Infantería Genética. Todos los G.I. estaban inmunes a todas las toxinas, enfermedades y ácidos (excepto uno). El Alto Mando Surero despliega su arma secreta en un asalto aéreo, pero un traidor ha revelado el secreto de los G.I. a los Norts, quienes son masacrados durante el descenso. Este evento es conocido como la Masacre de la Zona Cuarzo. Rogue, aparentemente el único superviviente de los G.I. (hasta que conoce a Venus Bluegenes), deserta para rastrear al General Traidor responsable y vengar a los demás G.I. En el camino, frustra numerosos planes de los Norts, destruyendo a algunos de los altos cargos de Nort-land, como el Gran Almirante Hoffa y el Sergeant-Kapitan Natashov. Todos los G.I. poseen un biochip implantado en el cráneo que contiene sus rasgos de personalidad, memorias y conciencia. Tras la muerte de un G.I., su biochip puede ser insertado en un slot del equipo o arma de otro G.I., permitiéndole controlarlo. El biochip puede ser luego colocado en un nuevo cuerpo, permitiendo que el G.I. caído resucite. Una cita del juego es: "Somos infantería genética —incluso cuando estamos muertos, no escapamos de la guerra."