Rogue Trooper

Handlingen utspelar sig på planeten Nu-Jord, fångad i de gravitationella krafterna från två soler och ett svart hål (använt av Southers för att teleportera sig till sin högkvartersstation i rymden), där ett evigt krig mellan Norts och Southers har kostat miljoner liv. Under kriget har båda sidor använt kemiska och biologiska vapen, förgiftat planeten, och trupperna från båda sidor måste bo i inneslutna städer och endast våga sig utomhus med skyddsutrustning känd som "bio-dräkt". Southers har, genom genetisk manipulation (utförd av så kallade "genie-genier"), utvecklat en ras av krigare som är immuna mot den dödliga atmosfären och därmed överlägsna trupper, den genetiska infanteriet. Alla G.I.:er var immuna mot alla gift, sjukdomar och syror (förutom en). Souther högkvarteret deployar sin hemliga vapen i ett luftlandsteg, men en förrädare har avslöjat G.I.:ernas hemlighet för Norts, som massakreras under nedfallet. Detta är känt som Quartz Zone-massakern. Rogue, den enda överlevande G.I.:en (tills han möter Venus Bluegenes), deserterar för att spåra den ansvarige förrädargeneralen och hämnas de andra G.I.:erna. Under resan förhindrar han otaliga Norts-scheman, förstör några av Nord-lands högsta befälhavare, såsom Grand Admiral Hoffa och Sergeant-Kapitan Natashov. Alla G.I.:er besitter en biochip implanterad i skallen som innehåller deras personlighetsegenskaper, minnen och medvetande. När en G.I. dör kan biochippet placeras i en facka i annan G.I.:s utrustning eller vapen, vilket gör att denne kan kontrollera den. Biochippet kan senare placeras i en ny kropp, vilket gör att den döde G.I.:en kan återuppstå. En citat från spelet är: "Vi är genetisk infanteri – även när vi är döda flyr vi inte från kriget."