Metroid Fusion

Het spel begint met Samus Aran als bodyguard voor het Biologic onderzoeksteam op planeet SR388. Uiteindelijk confronteert een Hornoad hen en wordt door Samus gedood. Echter, een gele bolvormige organismen (een X) komt uit de Hornoad tevoorschijn en dringt Samus' lichaam binnen. Ze voelt aanvankelijk geen effecten en zet haar werk voort, waarbij ze de opdracht succesvol voltooit. Op weg terug naar het laboratorium verliest Samus echter het bewustzijn en haar ruimteschip crasht in een asteroïdengordel. Het noodsystem van het schip zet automatisch Samus' ontsnappingcapsule vrij, waardoor ze de crash overleeft, maar het schip volledig vernietigd wordt. Een medisch team verzorgt Samus snel en ontdekt dat het wezen dat haar lichaam binnen was gedrongen op SR388 eigenlijk een parasitaire organismen was, dat ze snel de naam X gaven. Samus, geïnfecteerd door de X-parasieten, had haar Power Suit zo sterk geïntegreerd met haar systeem dat deze niet verwijderd kon worden terwijl ze bewusteloos was. Grote delen van haar geïnfecteerde pak moesten chirurgisch verwijderd worden, waardoor het uiterlijk drastisch veranderde. Echter, de X in Samus' centrale zenuwstelsel waren te diep ingebed om veilig te verwijderen; haar overlevingskansen waren minder dan één procent. Metroids zijn de enige bekende roofdieren van de X; aangezien Samus alle Metroids op SR388 in een eerdere missie had vernietigd, konden de X zich ongehinderd vermenigvuldigen. De artsen zagen dit als de sleutel om haar te genezen en stelden voor om een Metroid-cel van Samus' dode Baby Metroid te gebruiken om een anti-X-vaccin te maken. Blijkbaar had de Federatie een celcultuur van de Baby bewaard die Samus had gered toen ze voor de tweede keer op Zebes was. Het serum werd onmiddellijk bereid en geïnjecteerd, waardoor de X volledig uitgeroeid werden. Er waren echter twee bijwerkingen: Samus kon niet meer gewond raken door normale X en kon ze zelfs absorberen om haar gezondheid en munitie aan te vullen, maar ze erfde ook de kwetsbaarheid van de Metroids voor kou. Na haar herstel wordt Samus gestuurd om een explosie te onderzoeken op het Biologic Space Laboratories onderzoekstation, waar de monsters van SR388 en de geïnfecteerde delen van haar Power Suit worden bewaard. Zodra ze het station bereikt, gaat Samus direct naar de Quarantaine Bay, waar ze een Hornoad ontmoet en doodt dat geïnfecteerd is door een X-parasiet. Samus praat met de computer van haar nieuwe ruimteschip (die ze 'Adam' noemt, omdat het haar aan een voormalige CO herinnert) en leert dat de monsters die door het veldteam zijn meegebracht geïnfecteerd zijn door de X. De computer onthult ook dat de X het DNA van hun prooi kunnen gebruiken om een perfecte kopie te maken, wat betekent dat elk organisch leven op het station ook geïnfecteerd kan raken. Tijdens haar verder onderzoek op het station ontdekt Samus dat de X de geïnfecteerde delen van haar Power Suit hebben gebruikt om een kopie van Samus zelf te maken, de SA-X (of Samus Aran-X). Omdat de SA-X voortkwam uit Samus' volledig geüpgradede Power Suit, heeft het alle haar geüpgradede vaardigheden, zoals blijkt uit het gebruik van een Power Bomb om te ontsnappen uit de Quarantaine Bay. Door de bom te laten ontploffen, vernietigde de SA-X ook de capsules die de X-monsters bevatten, waardoor ze allemaal het station binnenkwamen. Diep in haar onderzoek stuit Samus op het Verboden Lab van het station. Hier vindt ze tientallen baby Metroids en enkele Metroids in verschillende stadia van volwassenheid, allemaal in stasis; dit waren de resultaten van een klonproject waarvan Samus niet eerder op de hoogte was. Kort nadat Samus ze ontdekt, probeert de SA-X zijn roofdieren te vernietigen, maar het plan mislukt: de Metroids breken los en de noodveiligheden worden geactiveerd als gevolg. Samus ontsnapt net op tijd voordat het lab volledig wordt afgesloten en van het station wordt afgestoten, waarbij het boven SR388 ontploft. Na het incident in het Verboden Lab praat Samus met haar schipcomputer, die boos is over de ontdekking en de daaropvolgende vernietiging van de Metroids. De computer legt uit dat de Federatie in het geheim aan een Metroid-kweekprogramma werkte, voor 'vreedzame toepassingen'. De computer onthult dat het SRX-omgeving van het station, een replica van het SR388-ecosysteem, ideaal was voor het kweken van Alpha-, Gamma-, Zeta- en zelfs Omega Metroids. Het onderzoek onthulde technieken voor snelle groei, waardoor een baby in slechts dagen kon uitgroeien tot een Omega Metroid. Helaas had de SA-X Samus gevolgd en kwam ook in het lab. Tot Samus' verbazing vermeldt de computer ook dat de SA-X zich asexueel voortplant en er geen minder dan 10 aan boord van het station zijn. Later vertelt de computer Samus dat ze genoeg schade heeft aangericht en beveelt haar om de rest van het onderzoek aan de Federatie over te laten. Blijkbaar heeft de Federatie belangstelling voor de X en de SA-X en geloven ze dat dit levenvorm oneindig veel toepassingen heeft. Samus, die de vernietigende capaciteiten van de SA-X uit eerste hand heeft gezien, is sterk tegen dit plan. Ze is ervan overtuigd dat de X de Federatietroepen zullen overweldigen zodra ze landen, waarbij ze hun krachten en kennis absorberen. Als dit gebeurt, kunnen ze zich gemakkelijk door het hele universum verspreiden en 'de galactische beschaving zal ten einde lopen.' Als alternatief besluit Samus het zelfvernietigingsmechanisme van het station te activeren om de X te vernietigen, waarbij ze haar eigen leven in gevaar brengt. Echter, de computer van haar schip heeft Samus opgesloten in een Navigatiekamer, omdat de Federatie hem heeft bevolen haar vast te houden tot hun aankomst. Wanhopig schreeuwt Samus tegen de computer: 'Laat ze dit niet doen. Zie je niet wat er zal gebeuren, Adam?' Verward door de naam, vraagt de computer wie deze Adam was. Samus onthult dat hij haar voormalige bevelhebber was en dat hij stierf toen hij haar leven redde. Blijkbaar werd de computer door Samus' onthulling geraakt en stemt ze in met het plan, en suggereert dat als Samus de baan van het station zou veranderen, ze misschien ook de planeet in de explosie zou kunnen betrekken, waardoor de vernietiging van de X op planeet SR388 en die op het station zou worden gegarandeerd. Op dit punt beseft Samus dat haar schipcomputer inderdaad Adam Malkovich is, wiens persoonlijkheid was geüpload naar een computer voordat hij stierf. Samus haast zich naar de Operations Room, waar ze wordt geconfronteerd met een SA-X. Ze weet het te verslaan, maar de Core-X ontsnapt voordat ze het kan absorberen. Ondanks de ontsnapping activeert Samus de zelfvernietigingssequentie en haast zich terug naar haar schip. Ze vindt echter de dokken in puin en haar schip verdwenen. Voordat ze kan reageren op de situatie, verschijnt een Omega Metroid, dat blijkbaar ontsnapt is uit het Verboden Lab voordat het werd vernietigd en in recordtijd is uitgegroeid tot volwassenheid. Samus heeft geen wapen dat het Metroid kan beschadigen, en een enkele klauwbeweging reduceert haar energiereserves tot één eenheid. Terwijl het Omega Metroid zich voorbereidt om haar af te maken, keert de SA-X terug en valt het Metroid aan met zijn Ice Beam, waardoor het gewond raakt. Echter, het was aanzienlijk verzwakt door de strijd met Samus en wordt snel verslagen door het Metroid. Deze keer zweeft de Core-X boven Samus, waardoor ze het kan absorberen en de 'Unnamed Suit' en de Ice Beam krijgt, en haar genetische toestand weer herstelt tot de staat voor de vaccinatie. Met haar herwonnen vaardigheden vecht en doodt Samus het Omega Metroid na een hevige strijd. Na de strijd keert Samus' schip terug in de baai, bestuurd door de computer, Adam, en dezelfde Etecoons en Dachoras die ze eerder op haar missie naar Zebes en later op de Habitation Deck had gered. Terwijl Samus het station verlaat, wordt getoond hoe het neerstort op SR388, waarbij zowel het station als de planeet worden vernietigd, waardoor het universum voorgoed van de X wordt bevrijd. Terugkijkend op haar daden twijfelt Samus of mensen zullen begrijpen waarom ze de X heeft vernietigd, noch zullen ze beseffen welk gevaar net op het nippertje is afgewend. Samus gelooft dat ze verantwoordelijk zal worden gehouden voor het negeren van de Federatie, maar Adam troost haar, door te zeggen: 'Maak je geen zorgen. Een van hen zal het begrijpen. Een van hen moet het.' In een laatste reflectie zegt Samus: 'we zijn allemaal gebonden door onze ervaringen. Die zijn de grenzen van ons bewustzijn. Maar uiteindelijk zal de menselijke ziel altijd streven naar de waarheid... Dit is wat Adam me heeft geleerd.'