Metroid Fusion est un jeu action et aventure développé par Nintendo R&D1 et édité par iQue, sorti le 17 novembre 2002.
Metroid Fusion est un jeu d'action-aventure en vue de côté qui allie exploration, combat et progression dans un environnement structuré. Les joueurs naviguent à travers des secteurs distincts, acquièrent de nouvelles capacités et débloquent l'accès à des zones auparavant interdites au fur et à mesure de leur avancée. Le jeu met l'accent sur des objectifs guidés, une traversée basée sur les capacités, ainsi que sur une tension atmosphérique, des menaces évolutives et une progression grâce aux améliorations.
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Le jeu commence avec Samus Aran agissant comme garde du corps pour l'équipe de recherche de Biologic sur la planète SR388. Finalement, un Hornoad les attaque et est tué par Samus. Cependant, un organisme jaune globulaire (un X) émerge de l'Hornoad à sa destruction et pénètre dans le corps de Samus. Ne ressentant aucun effet immédiat, Samus continue d'escorter les chercheurs et termine sa mission. Sur le chemin du retour vers le laboratoire, Samus perd connaissance et son vaisseau s'écrase dans une ceinture d'astéroïdes. Les systèmes d'urgence de son vaisseau éjectent automatiquement sa capsule de sauvetage, la sauvant de l'accident, mais détruisant complètement son vaisseau. Samus est rapidement prise en charge par une équipe médicale, qui découvre que la créature entrée dans son corps sur SR388 était en réalité un organisme parasite qu'ils nomment bientôt X. Samus, infectée par les parasites X, voit ses composants organiques de sa Combinaison de Pouvoir intégrés à son système au point qu'ils ne peuvent être retirés tant qu'elle est inconsciente. De grandes parties de sa combinaison infectée doivent être retirées chirurgicalement, modifiant radicalement son apparence. Cependant, les X dans son système nerveux central sont trop ancrés pour être retirés en toute sécurité ; ses chances de survie sont inférieures à un pour cent. Les Metroids sont les seuls prédateurs connus des X ; mais comme Samus a détruit tous les Metroids sur SR388 lors d'une mission précédente, les X ont pu se multiplier sans contrôle. Voyant cela comme la clé pour la guérir, les médecins proposent d'utiliser une cellule Metroid issue de son Baby Metroid mort pour créer un vaccin anti-X. Apparemment, la Fédération avait réussi à préserver une culture cellulaire du Baby qui avait sauvé Samus lors de sa deuxième visite sur Zebes. Le sérum est préparé et injecté sans délai, éradiquant complètement les X. Cependant, il y a deux effets secondaires : Samus ne peut plus être blessée par les X normaux et peut même les absorber pour restaurer sa santé et ses munitions, mais elle hérite également de la vulnérabilité des Metroids au froid. Après sa guérison, Samus est envoyée enquêter sur une explosion dans les laboratoires de recherche Biologic Space, où les spécimens de SR388 et les morceaux infectés de sa Combinaison sont détenus. Une fois arrivée sur la station, Samus se rend immédiatement à la Baie de Quarantaine, où elle affronte et tue un Hornoad infecté par un parasite X. Samus parle avec l'ordinateur de son nouveau vaisseau (qu'elle a nommé « Adam », car il lui rappelle un ancien commandant) et apprend que les spécimens rapportés par l'équipe sur le terrain ont été infectés par les X. L'ordinateur révèle également que les X peuvent utiliser l'ADN de leurs proies pour créer une copie parfaite, ce qui signifie que toute vie organique sur la station peut également être infectée. Alors qu'elle continue d'explorer la station, Samus découvre que les X ont utilisé les parties infectées de sa Combinaison pour créer une copie d'elle-même, surnommée SA-X (ou Samus Aran-X). Puisque le SA-X est issu de la Combinaison de Pouvoir entièrement améliorée de Samus, il possède toutes ses capacités renforcées, comme en témoigne son utilisation d'une bombe à plasma pour s'échapper de la Baie de Quarantaine. En faisant exploser la bombe, le SA-X détruit également les capsules contenant les spécimens X, les libérant tous dans la station. Bien avancée dans son enquête sur la station, Samus tombe sur le laboratoire restreint de la station. Ici, elle découvre des dizaines de Metroids bébés et plusieurs autres Metroids à différents stades de maturité, tous en stase ; ce sont les résultats d'un projet de clonage dont Samus n'avait pas connaissance auparavant. Peu après que Samus les ait découverts, le SA-X tente de détruire ses prédateurs, mais son plan tourne au désastre : les Metroids s'échappent et les systèmes de sécurité d'urgence sont activés en conséquence. Samus s'échappe de justesse avant que le laboratoire ne se verrouille complètement et ne soit éjecté de la station, explosant au-dessus de SR388. Après l'incident au laboratoire restreint, Samus parle avec l'ordinateur de son vaisseau, qui est en colère à la suite de la découverte et de la destruction des Metroids. L'ordinateur explique que la Fédération travaillait secrètement sur un programme d'élevage des Metroids, pour des « applications pacifiques ». L'ordinateur révèle que l'environnement SRX de la station, une réplique de l'écosystème de SR388, était idéal pour élever des Metroids Alpha, Gamma, Zeta, et même Omega. Les recherches ont permis de découvrir des techniques de croissance rapide, permettant à un Metroid bébé de devenir un Metroid Omega en quelques jours seulement. Malheureusement, le SA-X traquait Samus et l'a suivie jusqu'au laboratoire. À la grande surprise de Samus, l'ordinateur mentionne également que le SA-X se reproduit de manière asexuée et qu'il y en a au moins 10 à bord de la station. Plus tard, l'ordinateur informe Samus qu'elle a causé suffisamment de dégâts et lui ordonne de laisser le reste de l'enquête à la Fédération. Apparemment, la Fédération s'intéresse aux X et au SA-X et croit que cette forme de vie a des applications infinies. Samus, ayant vu les capacités destructrices du SA-X de ses propres yeux, est fortement opposée à cela. Elle est convaincue que les X submergeront les troupes de la Fédération dès leur arrivée, absorbant leurs pouvoirs et leurs connaissances. Si cela se produit, ils pourraient facilement se répandre dans toute la galaxie et « la civilisation galactique prendra fin. » En alternative, Samus décide d'activer le mécanisme d'autodestruction de la station afin de détruire les X, risquant sa propre vie dans le processus. Cependant, l'ordinateur de son vaisseau l'a enfermée dans une salle de navigation, car la Fédération lui a ordonné de la retenir jusqu'à leur arrivée. Désespérée, Samus crie à l'ordinateur : « Ne les laissez pas faire cela. Ne voyez-vous pas ce qui va se passer, Adam ? » Intrigué par l'utilisation de ce nom, l'ordinateur demande qui était cet Adam. Samus révèle qu'il avait été son ancien officier supérieur et qu'il était mort en la sauvant la vie. Apparemment touché par cette révélation, l'ordinateur est d'accord avec le plan et suggère que si Samus modifie l'orbite de la station, elle pourrait inclure la planète dans l'explosion, assurant ainsi la destruction des X sur la planète SR388 ainsi que ceux sur la station. À ce moment-là, Samus réalise que l'ordinateur de son vaisseau est vraiment Adam Malkovich, dont la personnalité avait été téléchargée dans un ordinateur avant sa mort. Samus se précipite vers la salle des opérations, où elle est confrontée par un SA-X. Elle parvient à le vaincre, mais son noyau X s'échappe avant qu'elle ne puisse l'absorber. Ignorant son évasion, Samus initie la séquence d'autodestruction et se précipite vers son vaisseau. Cependant, elle trouve la baie d'amarrage en ruines et son vaisseau disparu. Avant qu'elle ne puisse réagir à la situation, un Metroid Omega apparaît, apparemment s'étant échappé du laboratoire restreint avant sa destruction et ayant atteint sa taille adulte en un temps record. Samus ne possède aucune arme capable de endommager le Metroid, et une seule griffure de sa patte réduit ses réserves d'énergie à une unité. Alors que le Metroid Omega s'apprête à l'achever, le SA-X revient et attaque le Metroid avec son faisceau de glace, le blessant. Cependant, il est grandement affaibli par son combat avec Samus et est rapidement vaincu par le Metroid. Cette fois, le noyau X plane au-dessus de Samus, lui permettant de l'absorber et d'obtenir la « Combinaison Non-Nommée » ainsi que le faisceau de glace, restaurant son état génétique à ce qu'il était avant le vaccin. En utilisant ses capacités retrouvées, Samus combat et tue le Metroid Omega après un combat acharné. Après la bataille, le vaisseau de Samus réintègre la baie, ayant été piloté par l'ordinateur, Adam, ainsi que les mêmes Etecoons et Dachoras qu'elle avait sauvés lors de sa précédente mission sur Zebes et plus tard sur le pont d'habitation. Alors que Samus quitte la station, on la voit s'écraser sur SR388, détruisant à la fois la station et la planète, éliminant les X de l'univers pour toujours. Réfléchissant à ses actions, Samus doute que les gens comprendront pourquoi elle a détruit les X, ni réaliseront le danger qui a failli se produire. Samus croit qu'elle sera tenue pour responsable d'avoir défié la Fédération, mais Adam la console, lui disant : « Ne t'inquiète pas. L'un d'eux comprendra. L'un d'eux doit comprendre. » Une dernière réflexion, Samus ajoute : « Nous sommes tous liés par nos expériences. Elles sont les limites de notre conscience. Mais en fin de compte, l'âme humaine tendra toujours vers la vérité... C'est ce qu'Adam m'a appris. »