Metroid Fusion ist ein Action und Abenteuer-Spiel entwickelt von Nintendo R&D1 und veröffentlicht von iQue, erschienen am 17 November 2002.
Metroid Fusion ist ein Side-Scrolling-Action-Adventure-Spiel, das Erkundung, Kampf und Fortschritt in einer strukturierten Umgebung kombiniert. Spieler navigieren durch verschiedene Sektoren, erwerben neue Fähigkeiten und entsperren den Zugang zu zuvor gesperrten Bereichen, während sie voranschreiten. Das Spiel betont geführte Ziele sowie traversale Fähigkeiten, mit Fokus auf atmosphärische Spannung, sich entwickelnde Bedrohungen und Fortschritt durch Aufrüstungen.
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Das Spiel beginnt mit Samus Aran, die als Leibwächterin für das Forschungsteam von Biologic auf dem Planeten SR388 fungiert. Schließlich stellt ein Hornoad ihnen nach und wird von Samus getötet. Doch ein gelber, kugelförmiger Organismus (ein X) entweicht aus dem Hornoad, als es zerstört wird, und dringt in Samus’ Körper ein. Da sie zunächst keine Auswirkungen spürt, setzt Samus ihre Aufgabe fort, die Forscher zu begleiten und die Mission abzuschließen. Auf dem Rückweg zum Labor verliert Samus jedoch das Bewusstsein, und ihr Raumschiff stürzt in einen Asteroidengürtel. Die Notfallsysteme des Schiffes katapultieren automatisch Samus’ Rettungskapsel aus, retten ihr das Leben, doch das Raumschiff wird vollständig zerstört. Samus wird schnell von einem medizinischen Team versorgt, das feststellt, dass das Wesen, das auf SR388 in ihren Körper eingedrungen war, tatsächlich ein parasitärer Organismus war, den sie bald X nannten. Samus, infiziert von den X-Parasiten, hatte ihre organischen Komponenten des Power-Suits so stark integriert, dass sie nicht entfernt werden konnten, solange sie bewusstlos war. Große Teile ihres infizierten Anzugs mussten chirurgisch entfernt werden, was ihr Aussehen dramatisch veränderte. Allerdings waren die X in ihrem zentralen Nervensystem zu tief verwurzelt, um sicher entfernt zu werden; ihre Überlebenschancen lagen bei weniger als einem Prozent. Metroids sind die einzigen bekannten Fressfeinde der X; da Samus jedoch bei einer vorherigen Mission alle Metroids auf SR388 vernichtet hatte, konnten sich die X ungehindert vermehren. Die Ärzte sahen darin den Schlüssel zur Heilung und schlugen vor, eine Metroid-Zelle aus ihrem toten Baby-Metroid zu verwenden, um ein Anti-X-Serum herzustellen. Offensichtlich hatte die Föderation es geschafft, eine Zellkultur des Babys zu bewahren, das Samus ein zweites Mal auf Zebes gerettet hatte. Das Serum wurde ohne Verzögerung hergestellt und injiziert, wodurch die X vollständig ausgerottet wurden. Allerdings gab es zwei Nebenwirkungen: Samus konnte nicht mehr von normalen X verletzt werden und konnte sie sogar absorbieren, um Gesundheit und Munition aufzufüllen, doch sie erbte auch die Kälteempfindlichkeit der Metroids. Nach ihrer Genesung wird Samus zu einer Explosion auf der Biologic Space Laboratories Forschungsstation geschickt, wo die Proben von SR388 und die infizierten Teile ihres Power-Suits aufbewahrt werden. Sobald sie die Station erreicht, begibt sich Samus sofort in den Quarantänebereich, wo sie auf einen von einem X-Parasiten infizierten Hornoad trifft und ihn tötet. Sie spricht mit dem Computer ihres neuen Raumschiffs (den sie « Adam » nennt, da er sie an einen früheren Kommandanten erinnert) und erfährt, dass die von der Feldmannschaft mitgebrachten Proben von den X infiziert wurden. Der Computer enthüllt zudem, dass die X die DNA ihrer Beute nutzen können, um eine perfekte Kopie zu erschaffen, was bedeutet, dass jedes organische Leben auf der Station ebenfalls infiziert werden könnte. Während sie die Station weiter erkundet, entdeckt Samus, dass die X die infizierten Teile ihres Power-Suits genutzt haben, um eine Kopie von ihr selbst zu erschaffen, die sie SA-X (oder Samus Aran-X) nennen. Da der SA-X aus ihrem vollständig aufgerüsteten Power-Suit entstand, besitzt er alle ihre verstärkten Fähigkeiten, wie durch die Verwendung einer Power-Bombe zum Entkommen aus dem Quarantänebereich bewiesen wird. Durch die Explosion der Bombe zerstört der SA-X auch die Kapseln, die die X-Proben enthielten, und setzt sie alle in der Station frei. Tief in ihrer Erkundung der Station stößt Samus auf das Restricted Lab der Anlage. Hier findet sie Dutzende von Baby-Metroids und mehrere weitere Metroids in verschiedenen Reifegraden, alle in Stase; dies waren die Ergebnisse eines Klonprojekts, von dem Samus zuvor nichts wusste. Kurz nachdem Samus sie entdeckt hat, versucht der SA-X, seine Feinde zu vernichten, doch sein Plan schlägt fehl: Die Metroids befreien sich, und die Notfall-Sicherheitssysteme werden aktiviert. Samus entkommt knapp, bevor sich das Labor vollständig verriegelt und von der Station abgeworfen wird, wobei es über SR388 explodiert. Nach dem Vorfall im Restricted Lab spricht Samus mit dem Computer ihres Schiffes, der wütend über die Entdeckung und Zerstörung der Metroids ist. Der Computer erklärt, dass die Föderation heimlich an einem Zuchtprogramm für Metroids gearbeitet habe, für « friedliche Anwendungen ». Er enthüllt, dass die SRX-Umgebung der Station, eine Replik des SR388-Ökosystems, ideal für die Aufzucht von Alpha-, Gamma-, Zeta- und sogar Omega-Metroids war. Die Forschung deckte Techniken für schnelles Wachstum auf, sodass ein Baby-Metroid in nur wenigen Tagen zu einem Omega-Metroid heranwachsen konnte. Leider hatte der SA-X Samus verfolgt und war ihr bis in das Labor gefolgt. Zu Samus’ Überraschung erwähnt der Computer zudem, dass sich der SA-X asexuell vermehrt und es mindestens 10 an Bord der Station gibt. Später teilt der Computer Samus mit, dass sie genug Schaden angerichtet habe und befiehlt ihr, den Rest der Untersuchung der Föderation zu überlassen. Offensichtlich hat sich die Föderation für die X und den SA-X interessiert und glaubt, dass dieses Lebensform unendliche Anwendungen hat. Samus, die die zerstörerischen Fähigkeiten des SA-X mit eigenen Augen gesehen hat, ist stark dagegen. Sie ist überzeugt, dass die X die Föderationstruppen überwältigen werden, sobald diese landen, und ihre Kräfte und ihr Wissen absorbieren. Wenn dies geschieht, könnten sie sich leicht in der gesamten Galaxie ausbreiten und « die galaktische Zivilisation wird enden. » Als Alternative beschließt Samus, das Selbstzerstörungsmechanismus der Station zu aktivieren, um die X zu vernichten, und riskiert dabei ihr eigenes Leben. Allerdings hat der Computer ihres Schiffes sie in einem Navigationsraum eingeschlossen, da die Föderation ihn angewiesen hat, sie bis zu ihrer Ankunft festzuhalten. Verzweifelt schreit Samus den Computer an: « Lass sie das nicht tun. Siehst du nicht, was passieren wird, Adam? » Verwirrt über die Verwendung des Namens fragt der Computer, wer dieser Adam gewesen sei. Samus enthüllt, dass er ihr ehemaliger Kommandant war und bei einem Rettungsversuch für sie gestorben war. Offensichtlich von Samus’ Enthüllung bewegt, stimmt der Computer dem Plan zu und schlägt vor, dass Samus, wenn sie die Umlaufbahn der Station ändert, die Möglichkeit hätte, den Planeten in die Explosion einzubeziehen, wodurch die Zerstörung der X auf dem Planeten SR388 sowie auf der Station sichergestellt wäre. In diesem Moment erkennt Samus, dass der Computer ihres Schiffes tatsächlich Adam Malkovich ist, dessen Persönlichkeit vor seinem Tod in einen Computer hochgeladen wurde. Samus eilt in den Operationsraum, wo sie auf einen SA-X trifft. Sie schafft es, ihn zu besiegen, doch der Core-X entkommt, bevor sie ihn absorbieren kann. Ignorierend seine Flucht, startet Samus die Selbstzerstörungssequenz und eilt zurück zu ihrem Schiff. Doch sie findet die Dockingbucht in Trümmern und ihr Schiff verschwunden. Bevor sie auf die Situation reagieren kann, erscheint ein Omega-Metroid, das offenbar aus dem Restricted Lab entkommen ist, bevor es zerstört wurde, und in Rekordzeit seine volle Größe erreicht hat. Samus besitzt keine Waffe, die das Metroid beschädigen könnte, und ein einziger Schlag seiner Klaue reduziert ihre Energiereserven auf eine Einheit. Als das Omega-Metroid sich anschickt, sie zu töten, kehrt der SA-X zurück und greift das Metroid mit seinem Eisstrahl an, verletzt es. Allerdings ist er durch den Kampf mit Samus stark geschwächt und wird schnell vom Metroid besiegt. Diesmal schwebt der Core-X über Samus, sodass sie ihn absorbieren und den « Unnamed Suit » sowie den Eisstrahl erhalten kann und ihr genetischer Zustand auf den Zustand vor der Impfung zurückgesetzt wird. Mit ihren wiedererlangten Fähigkeiten kämpft und tötet Samus das Omega-Metroid nach einem erbitterten Kampf. Nach der Schlacht kehrt ihr Schiff in die Bucht zurück, gesteuert vom Computer, Adam, sowie den gleichen Etecoons und Dachoras, die sie bei ihrer vorherigen Mission auf Zebes und später auf dem Habitationsdeck gerettet hatte. Als Samus die Station verlässt, sieht man sie auf SR388 stürzen, wodurch sowohl die Station als auch der Planet zerstört werden und die X für immer aus dem Universum getilgt werden. Nachdenklich über ihre Handlungen zweifelt Samus, ob die Menschen verstehen werden, warum sie die X vernichtet hat, oder den Gefahr erkennen, die nur knapp abgewendet wurde. Samus glaubt, für den Ungehorsam gegenüber der Föderation verantwortlich gemacht zu werden, doch Adam tröstet sie und sagt: « Mach dir keine Sorgen. Einer von ihnen wird es verstehen. Einer von ihnen muss es verstehen. » In einer letzten Reflexion fügt Samus hinzu: « Wir sind alle durch unsere Erfahrungen verbunden. Sie sind die Grenzen unseres Bewusstseins. Aber am Ende wird die menschliche Seele immer nach der Wahrheit streben... Das hat mir Adam beigebracht. »