Sonic the Hedgehog 3 & Knuckles

No final de Sonic the Hedgehog 2, o vilão Dr. Robotnik teve o seu Death Egg derrubado da órbita pelos heróis, Sonic the Hedgehog e seu companheiro Miles "Tails" Prower. Apesar de não ter sido completamente destruído, o Death Egg caiu na Ilha Flutuante, arrastando-a para o oceano abaixo. Esta ilha possui propriedades especiais, incluindo a sua capacidade de suspensão mágica. Quando Dr. Robotnik detecta a presença de um poderoso Chaos Emerald no interior da ilha, decide procurar novamente os Chaos Emeralds para que o seu Death Egg danificado possa regressar à órbita. Transformando a sua derrota em mais uma vantagem, ele sequestra animais para convertê-los em Badniks e cria uma nova linha de armas. Enquanto isso, Knuckles segue o seu caminho habitual ao longo do altar dos Emeralds para verificar se tudo está bem, quando de repente um enorme terremoto surge do nada. Knuckles vê os Emeralds a flutuarem no ar, surpreendido, é lançado ao ar antes de desmaiar. Quando acorda, os Chaos Emeralds desapareceram, mas Knuckles também vê um enorme ovo à distância. Surpreendido, lembra-se de uma lenda sobre um antigo dragão enviado para destruir o mundo nos tempos do fim. Pensando que este ovo misterioso seja o dragão, Knuckles parte em sua direção... Uma figura gigante em forma de ovo aparece do nada, apresentando-se como "Dr. Eggman", explicando a Knuckles que veio estudar este enorme ovo, e que um porco-espinho malvado chamado Sonic não só está a interferir com as suas pesquisas, como também tenta roubar os Chaos Emeralds. Knuckles, enganado pelo doutor, sai em busca deste malfeitor. Eggman sorri consigo mesmo, satisfeito com a sua habilidade para mentir. Imediatamente após os eventos de Sonic 3, onde a arma orbital de Dr. Robotnik, o Death Egg, é danificada numa batalha com Sonic e cai de volta à Angel Island, Sonic viaja através de cada zona para recuperar os Chaos Emeralds e derrotar Robotnik, entrando novamente em conflito com Knuckles, que acredita que Sonic está a tentar roubar os Emeralds para si próprio. Na Hidden Palace Zone, Sonic luta e derrota Knuckles. Os dois ouvem uma perturbação fora da câmara e saem para encontrar Dr. Robotnik a roubar o Master Emerald, o segredo dos poderes de levitação da ilha. Knuckles tenta atacar Robotnik, mas é eletrocutado no processo e fica preso com Sonic num túnel subterrâneo. Knuckles, percebendo que Sonic está do seu lado, mostra-lhe um portal que os leva para o Sky Sanctuary, onde o Death Egg está a ser lançado novamente. Sonic infiltra-se no Death Egg e derrota Robotnik como Super Sonic. A história de Knuckles, que decorre após os eventos da campanha de Sonic, começa na Mushroom Hill, onde ele está a descansar com os seus amigos animais, mas é interrompido por uma bomba lançada por EggRobo. Isto leva Knuckles a perseguir EggRobo, guiando-o através de versões mais difíceis da maioria das mesmas zonas pelas quais Sonic passou. A perseguição termina nos restos danificados do Sky Sanctuary, onde um robô chamado Mecha Sonic ataca Knuckles, mas acidentalmente destrói EggRobo em vez disso. Após uma breve luta, Mecha Sonic usa o poder do Master Emerald para alcançar uma forma Super semelhante à de Sonic. Knuckles consegue derrotar o Super Mecha Sonic, que explode. Sonic chega pilotando o biplano Tornado e Knuckles pega uma carona para devolver o Master Emerald à Angel Island. Se todos os Chaos Emeralds forem coletados, a Angel Island sobe para o céu. No entanto, se o jogador não tiver coletado todos os Chaos Emeralds, Knuckles não pode resgatar o Master Emerald, e a Angel Island afunda-se no oceano.