Obscure: The Aftermath

A história decorre dois anos após o "Incidente Leafmore" (os eventos do primeiro Obscure); o Incidente Leafmore foi de alguma forma encobrido. Shannon e Kenny agora estão matriculados na próxima Fallcreek University, enquanto Stan está a reformar a sua vida como motorista de camião. Stan e Kenny têm de tomar medicação para prevenir os efeitos da planta de infectar os seus corpos, enquanto Shannon conseguiu adaptar-se às mudanças. À medida que a história começa, uma nova droga criada a partir de uma flor estranha espalha rapidamente a sua influência sobre a população da universidade. Em breve, um pequeno grupo de estudantes, juntamente com os sobreviventes do Leafmore High, tem de enfrentar uma horda de mutantes e tentar sobreviver. As esporos espalham-se por toda a cidade e depois por todo o país. O surto começa numa festa de uma fraternidade do Delta Theta Gamma. Amy e Kenny são os primeiros a chegar, apenas para encontrar o local infectado quando entram. Os estudantes então conhecem um cientista, Richard James, que é o professor de biologia da universidade e ajuda o jogador várias vezes. Após algum tempo, o grupo é juntado por Corey e Mei, que tentam escapar. Uma vez fora, Sven quase é atropelado por alguém que conduz o carro de Corey, então Corey e Amy perseguem o ladrão do carro pela floresta. Enquanto isso, Mei, que recebe uma chamada da sua irmã gémea Jun, vai com Sven para a resgatar, mas falha, pois Jun é morta por um monstro. O casal encontra o carro de Corey, mas o proprietário fica zangado e, juntamente com Amy, mata o ladrão agora mutado. Após mais alguma caminhada, eles notam um homem desfigurado, lutam com novos monstros (Harpias) e caminham pela floresta até acabarem no "Hospital da Universidade Fallcreek", onde encontram Shannon e seu irmão Kenny, este último gravemente doente devido a inalar a droga feita pela flor de esporos negros. Ele não consegue encontrar a sua medicação e acaba por sucumbir, transformando-se num monstro. Em seguida, todo o grupo se reúne no piso térreo leste do hospital, onde preparam uma dinamite química para destruir uma parede e chegar ao estacionamento. Sven e Corey ajudam todos a entrar num armazém, mas são surpreendidos por um monstro Kenny que lança Corey contra um poste e mata Mei, deixando Corey profundamente abalado. Stan, que tinha respondido à chamada de Kenny antes de se mutar, encontra-se com o grupo sobrevivente e leva-os embora, até que o carro bate e cai numa barragem. Shannon e Stan exploram a barragem e todo o grupo finalmente se reúne para encontrar Amy num canto do quarto. Após localizarem Amy, descobrem que isso foi resultado das ações de Kenny, que sugeriu que a tinha estuprado. O grupo escapa, mas Corey e Shannon ficam e derrotam-no, fazendo-o cair num poço com um enorme aparelho de metal a cair sobre ele. À medida que o jogo avança, Stan e Shannon aproximam-se cada vez mais. Enquanto encontram um lugar para se abrigarem, Amy e Sven exploram e são emboscados por um homem de rosto desfigurado com uma motosserra. O homem desfigurado luta com Sven para permitir que Amy escape. Quando encontram Sven empalado num gancho de carne por parte do homem desfigurado numa casa abandonada, Stan e Shannon perseguem o homem desfigurado, levando às ruínas da escola do primeiro jogo e uma árvore com ramos gigantes que se movem. A árvore gigante era na verdade os restos mutados de Leonard Friedman (Obscure), enquanto o homem desfigurado é seu filho, Jedidiah. Friedman injetou-se com uma cepa de vírus que o mutou, o que depois foi transmitido a Jedidiah. Stan e Corey matam a árvore de Friedman, enquanto Corey termina com Jedidiah, vingando a morte de Sven. Quando o par regressa, encontram Richard e uma ambulância com uma Amy grávida. Stan e Corey descobrem que a fraternidade Delta Theta Gamma não é apenas uma fraternidade universitária normal, mas uma organização antiga e poderosa que quer aproveitar o poder da Mortifilla. A ambulância leva Stan, Shannon, Amy e Corey, mas bate numa ponte após passar por uma nuvem de esporos. Stan e Shannon tentam descobrir onde é o novo ponto de encontro de Richard e tentar chegar lá, enquanto Corey vai resgatar Amy. No caminho, deparam-se com o museu do Delta Theta Gamma dentro do Fallcreek e descobrem que são responsáveis por encobrir o incidente do Leafmore e envolvidos nos experimentos de Friedman com a Mortifilla. Também descobrem que Josh e Ashley, seus amigos do Leafmore, foram mortos por Jedidiah após investigarem a casa abandonada onde ele vive. Corey chega primeiro para ver Richard a levar Amy num helicóptero. Mas a viagem é interrompida por um ainda vivo e mais poderoso Monstro Kenny. Corey decide lutar contra Kenny, mas a luta não dura muito, pois Kenny consegue infectar Corey. Quando Shannon e Stan chegam ao novo ponto de destino, veem Corey, assim que ele é infectado antes da entrada de Stan e Shannon, ajoelhado. Ele diz que Mei foi a única em quem se importava, e então comete suicídio. Stan e Shannon matam Kenny, esmagando-o com uma enorme plataforma de luzes sobre o campo de futebol. Enquanto Kenny está a morrer debaixo da plataforma, pede a Shannon que cuide da sua criança, mas Shannon jura que não deixará que ela viva. O helicóptero com Amy e Richard enche-se de uma nuvem de esporos antes de explodir. Stan pergunta a Shannon o que fazer em seguida; ela responde que continuará e cortará todos os laços familiares, bem como deterá a organização Delta Theta Gamma.