Obscure: The Aftermath

Handlingen utspelar sig två år efter "Leafmore Incident" (händelserna i det första Obscure). Leafmore Incident har på något sätt döljts undan. Shannon och Kenny är nu inskrivna på närbelägna Fallcreek University, medan Stan försöker reformera sitt liv som lastbilschaufför. Stan och Kenny måste ta medicin för att förhindra att växtens effekter smittar deras kroppar, medan Shannon har lyckats anpassa sig till förändringarna. När berättelsen börjar sprider sig snabbt en ny drog, skapad från en märklig blomma, över universitetets befolkning. Snart måste en liten grupp studenter, tillsammans med överlevarna från Leafmore High, stå emot en horde mutanter och försöka överleva. Sporerna sprider sig över hela staden och senare över hela landet. Utbrottet börjar på ett brödraskapsparti för brödraskapet ΔΘΓ. Amy och Kenny är de första som anländer, men när de kommer in hittar de stället smittat. Studenterna träffar sedan en vetenskapsman, Richard James, som är biologilärare på universitetet och som hjälper spelaren flera gånger. Efter en tid ansluter sig Corey och Mei till gruppen, som försöker fly. När de kommer ut blir Sven nästan påkörd av någon som kör Corey's bil, så Corey och Amy jagar bilstölden in i skogen. Under tiden får Mei ett samtal från sin tvillingsyster Jun och åker med Sven för att rädda henne, men misslyckas då Jun dödas av ett monster. Duon hittar Corey's bil, men bilens ägare blir arg och, tillsammans med Amy, dödar den nu muterade tjuven. Efter mer vandring märker de en missbildad man, slåss mot nya monster (Harpier) och vandrar genom skogen för att till slut hamna på "Fallcreek University Hospital", där de hittar Shannon och hennes bror Kenny, den senare som är svårt sjuk på grund av att han snusat drogen gjord av den svarta sporeblomman. Han hittar inte sin medicin och dör till slut, förvandlad till ett monster. Därefter samlas hela gruppen på sjukhusets östra bottenvåning, där de tillverkar kemisk dynamit för att spränga ett vägg och komma till parkeringsplatsen. Sven och Corey hjälper alla att komma in i ett lager, men blir överraskade av en monstermässig Kenny som kastar Corey mot en stolpe och dödar Mei, vilket chockar Corey djupt. Stan, som svarat på Kennys samtal innan han mutade, möter den överlevande gruppen och kör iväg med dem, tills han kraschar och faller ner i en damm. Shannon och Stan utforskar dammen och hela gruppen samlas slutligen för att hitta Amy i ett hörn av rummet. Efter att ha lokaliserat Amy inser de att detta är ett resultat av Kennys handlingar, som antydde att han våldtog henne. Gruppen flyr, men Corey och Shannon stannar kvar och besegrar honom genom att få honom att falla ner i en grop med en gigantisk metallanordning som faller på honom. När spelet fortskrider kommer Stan och Shannon närmare varandra. Medan de hittar en plats att ta skydd, utforskar Amy och Sven och blir överfallna av en man med missbildat ansikte som bär en köttsåg. Den missbildade mannen slåss mot Sven för att låta Amy fly. När de hittar Sven påspikad på en köttkrok av den missbildade mannen i ett övergivet hus, jagar Stan och Shannon efter den missbildade mannen, vilket leder till ruiner från det första spelet och ett träd med stora rörliga grenar. Det stora trädet var egentligen de muterade resterna av Leonard Friedman (från Obscure), medan den missbildade mannen är hans son, Jedidiah. Friedman hade injicerat sig med en stam av virus som muterade honom, vilket sedan överfördes till Jedidiah. Stan och Corey dödar Friedman-trädet, medan Corey avslutar Jedidiah, hämnas Sven's död. När paret återvänder hittar de Richard och en ambulans som bär en gravid Amy. Stan och Corey upptäcker att brödraskapet, Delta Theta Gamma, inte bara är ett normalt studentbrödraskap, utan en gammal och mäktig organisation som vill utnyttja kraften i Mortifilla. Ambulansen tar med sig Stan, Shannon, Amy och Corey, men de kraschar på en bro efter att ha passerat genom en moln av sporer. Stan och Shannon försöker ta reda på var Richards nya upphämtningspunkt är och försöker nå den, medan Corey går för att rädda Amy. På vägen stöter de på Delta Theta Gammas museum inom Fallcreek och upptäcker att de är ansvariga för att dölja Leafmore Incident och involverade i Fredmans experiment med Mortifilla. De upptäcker också att Josh och Ashley, deras vänner från Leafmore, dödades av Jedidath efter att ha undersökt det övergivna huset där Jedidath bor. Corey anländer först och ser Richard flyga iväg med Amy i en helikopter. Men färden stoppas av en ännu levande och mer kraftfull Monster Kenny. Corey bestämmer sig för att slåss mot Kenny, men striden varar inte länge då Kenny lyckas smitta Corey. När Shannon och Stan når den nya destinationen ser de Corey, precis när han smittas innan Stan och Shannon kommer in, på knä. Han säger att Mei var den enda han brydde sig om, och begår sedan självmord. Stan och Shannon dödar Kenny genom att krossa honom med en stor plattform av ljus över fotbollsplanen. När Kenny ligger döende under plattformen ber han Shannon att ta hand om hans barn, men Shannon svär att hon inte kommer låta det leva. Helikoptern som innehåller Amy och Richard fylls med ett moln av sporer innan den exploderar. Stan frågar Shannon vad de ska göra härnäst; hon svarar att hon kommer fortsätta och skära alla familjeband samt stoppa Delta Theta Gamma organisationen.