Cave Story

Le personnage joueur se réveille dans une grotte sans souvenir de la manière dont il y est arrivé. Il découvre un village de Mimigas persécutés par le Docteur. Les serviteurs de ce dernier, Misery et Balrog, cherchent Sue Sakamoto, une jeune fille transformée en Mimiga. Ne la trouvant pas, ils enlèvent par erreur Toroko, une autre Mimiga. Le joueur retrouve Sue dans le Couloir aux Œufs, où elle découvre les œufs d'un Dragon Céleste, qui pourraient lui permettre de s'échapper de l'île flottante s'ils écloraient. Sue tente de sauver son frère Kazuma, mais le Roi, chef du village des Mimigas, l'arrête et la tient responsable de l'enlèvement de Toroko. Sue confie au joueur la mission de libérer Kazuma à Grasstown. Après l'avoir libéré, ils rencontrent le Professeur Booster, qui révèle que le Docteur compte utiliser les fleurs rouges des Mimigas pour créer une armée et conquérir le monde de surface. Booster envoie le joueur dans la Zone Sableuse pour détruire les fleurs rouges avant que le Docteur ne les trouve. Là-bas, il rencontre Curly Brace, un robot féminin sans souvenirs de son passé, et Jenka, une vieille sorcière, mère de Misery et gardienne des fleurs rouges. Jenka appelle le personnage joueur un « soldat de la surface », l'un de ceux envoyés sur l'île pour massacrer les Mimigas. Misery transporte le joueur dans le Labyrinthe, au cœur de l'île, en punition pour avoir interféré avec les plans du Docteur. Curly Brace y a également été jetée, et ils coopèrent pour s'échapper. Balrog les aide à déplacer le rocher bloquant la sortie, révélant sa nature bienveillante. Le duo affronte et vainc le Cœur, une créature magique dont le pouvoir maintient l'île en l'air. Cependant, le Docteur intervient pour le sauver avant que l'île ne s'effondre. Selon certaines conditions, le joueur peut sauver Curly Brace, qui a sacrifié son réservoir d'air pour le sauver. À son retour au village des Mimigas, il découvre que le Docteur a capturé les Mimigas. Dans le Couloir aux Œufs, Kazuma offre au joueur le choix de fuir l'île avec lui à bord d'un Dragon Céleste, menant à une fin alternative où le Docteur conquiert le monde de surface tandis que Kazuma et le joueur se cachent dans les montagnes. Le joueur peut aussi choisir d'affronter le Docteur et de détruire le Cœur de l'île, ce qui ramènerait les Mimigas à leur forme normale. Le joueur escalade la paroi extérieure de l'île pour atteindre la Plantation, où le Docteur utilise les Mimigas comme main-d'œuvre pour faire pousser des fleurs rouges. Les serviteurs du Docteur capturent le joueur et l'enferment avec Sue. Elle est emmenée avant qu'il ne se réveille, mais une lettre révèle que le Docteur faisait partie de l'expédition de recherche incluant la famille de Sue et le Professeur Booster, mais qu'il les a trahis après avoir découvert la Couronne Démoniaque. Sue indique au joueur de trouver sa mère, qui pourrait avoir un plan pour arrêter le Docteur. Si le joueur a sauvé Curly Brace plus tôt, il peut trouver un objet pour lui rendre la mémoire. Elle se souvient alors que le nom du personnage joueur est Quote, et qu'il n'était pas l'un des robots tueurs envoyés pour massacrer les Mimigas par le passé. Au contraire, il avait été envoyé pour détruire la Couronne Démoniaque et empêcher sa puissance de tomber entre de mauvaises mains. Quote retrouve la mère de Sue, Momorin, qui construit une fusée pour accéder au sommet de l'île où réside le Docteur. Après l'avoir aidée à achever la fusée, Quote affronte Misery et le Docteur. Ce dernier a purifié l'essence des fleurs rouges en un cristal, ce qui lui permet de survivre même après que Quote ait détruit son corps. L'esprit du Docteur possède alors le Cœur de l'île, mais Quote parvient à le détruire également, provoquant la chute de l'île vers la Terre. Selon certaines conditions, le joueur peut accéder à un niveau bonus appelé le Sanctuaire Ensanglanté, où est emprisonné Ballos, le créateur de la Couronne Démoniaque. Ballos, frère de Jenka, était un puissant magicien devenu fou après avoir été torturé. Misery l'avait forcé à créer la Couronne Démoniaque, mais elle et Balrog furent maudits pour servir quiconque la posséderait. Avec l'aide de Curly Brace, Quote vainc Ballos et arrête la source d'énergie négative qui faisait tomber l'île, sauvant ses habitants. Balrog sauve les deux avant qu'ils ne soient écrasés par l'effondrement de la prison de Ballos—il avait été envoyé par Misery en remerciement pour avoir brisé sa malédiction. Quote, Curly Brace et Balrog quittent l'île pour vivre leur vie en paix.