Cave Story

El personaje del jugador despierta en una cueva sin recordar cómo llegó allí. Encuentra una aldea de Mimigas, quienes son perseguidos por el Doctor. Los sirvientes del Doctor, Misery y Balrog, buscan a Sue Sakamoto, una chica transformada en Mimiga. Al no encontrarla, secuestran por error a otra Mimiga llamada Toroko. El jugador encuentra a Sue en el Corredor de Huevos, donde descubre los huevos de un Dragón del Cielo, lo que podría permitirle escapar de la isla flotante si son incubados. Sue intenta rescatar a su hermano Kazuma, pero el Rey, líder de la aldea Mimiga, la captura y la hace responsable del secuestro de Toroko. Sue encarga al jugador recuperar a Kazuma de Grasstown. Tras liberarlo, se encuentran con el Profesor Booster, quien revela que el Doctor planea usar las flores rojas de los Mimigas para crear un ejército que tome el control del mundo superficial. Booster envía al jugador a la Zona de Arena para destruir las flores rojas antes de que el Doctor las encuentre. Allí, el jugador conoce a Curly Brace, un robot femenino que, al igual que él, no recuerda su pasado, y a Jenka, una bruja anciana que es la madre de Misery y guardiana de las flores rojas. Jenka llama al personaje del jugador "un soldado de la superficie", uno de muchos enviados a la isla para masacrar a los Mimigas. Misery transporta al jugador al Laberinto en lo profundo de la isla como castigo por interferir con los planes del Doctor. Curly Brace también ha sido arrojada al Laberinto y cooperan para escapar. Balrog los ayuda a mover el bloque de piedra que obstruye la salida, revelando su naturaleza bondadosa. La pareja encuentra y derrota al Núcleo, una criatura mágica cuyo poder mantiene la isla flotante. Sin embargo, el Doctor interviene para salvarlo antes de que la isla colapse. Dependiendo de ciertas condiciones, el jugador puede rescatar a Curly Brace, quien sacrificó su tanque de aire para salvar al personaje del jugador. Al regresar a la aldea Mimiga, descubre que el Doctor ha capturado a los Mimigas. En el Corredor de Huevos, Kazuma le ofrece al jugador una elección: escapar de la isla con él usando un Dragón del Cielo, lo que lleva a un final alternativo en el que el Doctor conquista el mundo superficial mientras Kazuma y el jugador se esconden en las montañas. El jugador también puede elegir confrontar al Doctor y destruir el Núcleo de la isla, lo que devolvería a los Mimigas a su forma normal. El jugador escala la pared exterior de la isla para llegar a la Plantación, donde el Doctor está usando a los Mimigas como mano de obra esclava para cultivar flores rojas. Los sirvientes del Doctor capturan al jugador y lo encierran en una celda junto a Sue. Ella es llevada antes de que el jugador despierte, pero una carta suya revela que el Doctor fue miembro de la expedición de investigación que incluía a la familia de Sue y al Profesor Booster, pero los traicionó una vez que encontró la Corona Demoníaca. Sue dirige al jugador a encontrar a su madre, quien podría tener un plan para detener al Doctor. Si el jugador salvó a Curly Brace antes, puede encontrar un objeto para restaurar sus recuerdos. Ella recuerda que el nombre del personaje del jugador es Quote, y que no era uno de los robots asesinos que masacraron a los Mimigas en el pasado. En su lugar, fueron enviados para destruir la Corona Demoníaca y evitar que su poder cayera en las manos equivocadas. Quote encuentra a la madre de Sue, Momorin, quien está construyendo un cohete que permitirá el acceso a la parte superior de la isla donde reside el Doctor. Tras ayudarla a completar el cohete, Quote se enfrenta a Misery y al Doctor. El Doctor ha purificado la esencia de las flores rojas en un cristal, lo que le permite sobrevivir incluso después de que Quote destruya su cuerpo. El espíritu del Doctor posee el Núcleo de la isla, pero Quote logra destruirlo también, causando que la isla comience a caer hacia la Tierra. Bajo ciertas condiciones, el jugador puede avanzar a una etapa adicional llamada Santuario Ensangrentado, donde está encarcelado Ballos, el creador de la Corona Demoníaca. Ballos, hermano de Jenka, fue un poderoso hechicero que enloqueció tras ser torturado. Misery obligó a Ballos a crear la Corona Demoníaca, pero ella y Balrog quedaron malditos para servir a quien la poseyera. Con la ayuda de Curly Brace, Quote derrota a Ballos y detiene la fuente de energía negativa que causaba la caída de la isla, salvando a sus habitantes. Balrog los salva a ambos antes de que sean aplastados por la prisión de Ballos que se derrumba—él había sido enviado por Misery como agradecimiento por romper su maldición. Quote, Curly Brace y Balrog abandonan la isla para vivir sus días en paz.