Another Metroid 2 Remake

La trama del juego es en gran medida idéntica a la de Metroid II. Ahora presenta una introducción al estilo de Super Metroid, narrada por Samus Aran (narración anterior), sobre la naturaleza de su misión en SR388. A lo largo del juego, los escáneres de Samus descargan automáticamente entradas del Logbook similares a las de la serie Metroid Prime, que revelan información adicional sobre las áreas y jefes. Puede descubrir zonas opcionales que incluyen los sitios de aterrizaje de la nave G.F.S. Thoth y una nave patrullera de clase Anhur que transportaba a los dos desafortunados equipos de la Federación Galáctica enviados para rescatar al Escuadrón Especial de la Federación Galáctica enviado previamente. Metroid II no incluía los lugares de descanso final de estos equipos de la Federación, a pesar de mencionarlos en el manual. Samus también se encuentra con marines supervivientes de la Federación luchando contra un Metroid Zeta que se metamorfosea en un Omega Metroid antes de derrotarlos sin esfuerzo. No es posible salvar a los marines. Los misteriosos terremotos vinculados a las muertes de los Metroid se insinúan como causados por la Reina Metroid en persona, ya que sus gritos pueden escucharse durante los últimos del juego. El Logbook revela que el sistema de cuevas está ubicado entre dos placas tectónicas en SR388. El juego termina con Samus eliminando a los últimos Metroid, a la Reina y descubriendo un Metroid bebé, al que luego llama baby. Después de los créditos, Samus pronuncia la famosa frase de apertura de Super Metroid: «El último Metroid está en cautiverio. La galaxia está en paz.» En el mejor final, se ve a Samus en su nave de combate llamando a la Academia de Ciencias Espaciales sobre el bebé, llevando directamente a Super Metroid.