Another Metroid 2 Remake

Die Handlung des Spiels bleibt weitgehend unverändert gegenüber Metroid II. Es bietet nun eine Einführung im Stil von Super Metroid, erzählt von Samus Aran (Stimme oben), die die Natur ihrer Mission auf SR388 erklärt. Im Laufe des Spiels laden Samus‘ Scanner automatisch Logbook-Einträge herunter, ähnlich wie in der Metroid Prime-Reihe, die zusätzliche Hintergrundinformationen zu Gebieten und Bosskämpfen preisgeben. Sie kann optionale Bereiche erkunden, darunter die Landestellen des G.F.S. Thoth und eines Patrouillenkreuzers der Anhur-Klasse, der zwei unglückselige Teams der Galaktischen Föderation transportierte, die zur Rettung des zuvor erwähnten Galactic Federation Special Squadron geschickt wurden. Metroid II zeigte diese letzten Ruhestätten der Föderationsteams nicht, obwohl sie im Handbuch erwähnt wurden. Samus trifft zudem auf überlebende Föderations-Marines, die gegen ein Zeta-Metroid kämpfen, das sich in ein Omega-Metroid verwandelt, bevor es sie mühelos tötet. Es ist nicht möglich, die Marines zu retten. Die mysteriösen Erdbeben, die mit dem Tod der Metroids in Verbindung gebracht werden, werden angedeutet, von der Metroid-Königin selbst verursacht zu sein, deren Schreie während der letzten Beben im Spiel zu hören sind. Das Logbook enthüllt, dass das Höhlensystem zwischen zwei tektonischen Platten auf SR388 liegt. Das Spiel endet mit Samus, die die letzten Metroids, einschließlich der Königin, tötet und ein junges Metroid entdeckt, das sie später „Baby“ nennt. Nach dem Abspann spricht Samus den berühmten Einleitungssatz aus Super Metroid: « Das letzte Metroid ist gefangen. Die Galaxis ist in Frieden.» Im besten Ende sieht man Samus in ihrem Gunship, wie sie die Raumwissenschafts-Akademie über das Baby kontaktiert – was den Weg für Super Metroid ebnet.