The Punisher

I spelets inledning njuter den amerikanska marinens kapten Frank Castle av en picknick med sin familj i Central Park. Frank och hans familj blir dock oavsiktliga vittnen till ett mafiamord och blir mördade som följd. För att hämnas sin familjs död blir Frank en vigilant känd som The Punisher, som för en ensam krig mot brottsligheten. Spelet börjar i en olaglig kasino och på New Yorks gator, där The Punisher (valfritt tillsammans med S.H.I.E.L.D.-agenten Nick Fury) jagar mafiamannen Bruno Costa, som beordrade mordet på The Punishers familj. Jaktens slutpunkt är en kamp mot Chester Scully (en mindre skurk från serierna), som The Punisher "förhör" tills han får den information han behöver innan han skjuter Scully. På spåret efter Bruno infiltrerar The Punisher den mafiaägda Pantaberde-resorten i Florida genom en vattenledning. Han bryter sig in på ett hotell och ställer till med Bruno, som plötsligt mördas av Guardroid, en robot som Kingpin programmerat för att eliminera The Punisher. Efter att ha besegrat Guardroid stormar The Punisher en stor narkotikasmugglingsring vid en lokal hamn, vilket slutar med att han konfronterar Bonebreaker i ett lagerhus vid kajen. Därefter attackerar The Punisher Kingpins valfält i en grotta i Arizona. The Punisher tar sig ombord på och förstör ett godståg som leds av Bushwhacker. Vid detta läge bestämmer sig Kingpin för att han har förlorat tillräckligt med handlangare och pengar till följd av The Punishers handlingar. Han sätter en stor belöning på The Punishers huvud, varpå denne jagas av mördare från sitt gömställe och genom en skog. Efter att ha besegrat en annan Guardroid infiltrerar The Punisher King Building, kämpande sig igenom Jigsaw och andra fiender till det slutgiltiga mötet med Kingpin själv. Efter att Kingpin besegrats rasar hela tornet, men han hittas inte bland de många döda kriminella i ruinen.