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A história segue uma entidade divina conhecida apenas como «The Master» (Deus na versão japonesa) na sua luta contra Tanzra (Satanás na versão japonesa), também referido como «The Evil One». Segundo o manual de instruções, The Master foi derrotado numa batalha contra Tanzra e os seus seis tenentes. The Master retirou-se para o seu palácio celeste para tratar das suas feridas e caiu num sono profundo. Na ausência de The Master, Tanzra dividiu o mundo em seis terras, uma para cada um dos seus tenentes, que mais tarde corromperam as pessoas. Após vários séculos, The Master desperta completamente recuperado e descobre que perdeu os seus poderes devido à falta de fé nele. Ao longo do jogo, The Master derrota os tenentes de Tanzra e recupera os seus poderes através da reconstrução das civilizações do seu povo e da comunicação com eles por meio de oração. Após a derrota de todos os tenentes, The Master inicia um assalto à fortaleza de Tanzra, Death Heim, derrotando-o finalmente. Após a derrota de Tanzra, The Master e o seu servo revisitam as muitas civilizações que ajudaram a construir e observam as pessoas. Durante as observações, notam que ninguém está no templo a adorar The Master. O servo observa que, embora as pessoas tenham rezado a The Master em tempos de dificuldade, já não sentem necessidade disso porque não estão em perigo. The Master e o seu servo entram então no palácio celeste e partem para o céu para aguardar um momento em que possam ser necessários.