Pokémon Super Mystery Dungeon

In een wereld waar alleen Pokémon leven, ontwaakt de speler als een van hen, zonder zich te herinneren dat ze ooit mens waren. Ze worden bijna onmiddellijk aangevallen door een groep mysterieus Beheeyem, maar worden gered door een vriendelijke Nuzleaf die hen onderdak biedt in het vredige dorp Serene Village. Daar ontmoeten ze een goedbedoelende, maar iets te enthousiaste partner, een buitenstaander zoals zijzelf, die droomt om zich aan te sluiten bij de beroemde Expedition Society, een groep Pokémon-verkenner die mysteries over het hele land onderzoeken. Samen worden ze betrokken bij een groeiende crisis: Pokémon overal, zelfs machtige legendarische wezens, worden verstenen door een onbekrachtige kwaadaardige kracht. Na toetreding tot de Expedition Society begeven de speler en hun partner zich naar steeds veranderende dongeons, waar ze vijanden bestrijden en aanwijzingen verzamelen om de waarheid achter de verstening, het verloren menselijke verleden van de speler en de duisternis die hun wereld bedreigt, te ontrafelen.