Halo: Combat Evolved Anniversary

Het spel begint net na de gebeurtenissen in Halo: Reach, waarbij het schip Pillar of Autumn uit de slipspace komt in de buurt van een mysterieus ringvormig ruimtestation, door de vijand in het spel Halo genoemd. Een vloot van de Covenant valt het Pillar of Autumn aan en richt zware schade aan. Kapitein Keyes activeert het Cole Protocol, een procedure die alle navigatiegegevens vernietigt om te voorkomen dat de Covenant de locatie van de Aarde te weten komt. Master Chief en Cortana vechten zich een weg naar een reddingscapsule, waar ze samen met een groep mariniers het schip verlaten. Tijdens hun vlucht zien ze Keyes proberen het Pillar of Autumn op Halo te laten neerstorten. Master Chief en Cortana zijn de enige overlevenden van hun neerstorting, maar ze maken snel contact met andere overlevenden en helpen hen een strijdmacht te vormen. De overlevenden vertellen hen dat Keyes de neerstorting van het Pillar of Autumn heeft overleefd, maar door de Covenant is gevangengenomen en aan boord van hun schip Truth and Reconciliation wordt vastgehouden. Master Chief en een groep mariniers bestormen het schip en redden Keyes, die hem beveelt om de Covenant voor te zijn in het besturen van Halo en het doel van het station te ontdekken. Master Chief en Cortana reizen naar een kaartenkamer genaamd de Silent Cartographer, die hen leidt naar de centrale besturing. Daar gaat Cortana in het systeem en ontdekt iets dringends, waarna ze Master Chief stuurt om Kapitein Keyes te zoeken terwijl zij achterblijft. Keyes was op zoek naar wat hij dacht een cache met krachtige wapens te zijn, maar toen hij zijn positie bereikt, vindt Master Chief alleen sporen van een gevecht en een opname die onthult dat ze per ongeluk de Flood hebben vrijgelaten, een parasitaire buitenaardse ras dat zich kan verspreiden door andere bewuste wezens te infecteren. De vrijlating van de Flood leidt ertoe dat de AI-monitor van Halo, 343 Guilty Spark, Master Chief vraagt om de Index te bemachtigen, een apparaat dat Halo activeert en de verspreiding van de Flood buiten het complex voorkomt. Na het bemachtigen en voorbereiden van de Index verschijnt Cortana opnieuw en waarschuwt hem tegen de activatie. Zij heeft ontdekt dat het verdedigingssysteem van Halo een wapen is dat alle bewuste leven in de Melkweg zal uitroeien, wat de gastlichamen die de Flood nodig heeft om zich te verspreiden, zal ontnemen – een ontdekking die Guilty Spark bevestigt. Geconfronteerd met deze informatie besluiten Master Chief en Cortana Halo te vernietigen om de activatie te voorkomen. Terwijl ze vechten tegen de Flood, de Covenant en de Sentinels van Guilty Spark, ontdekt Cortana dat de beste manier om dit te doen is het neerstorten van het Pillar of Autumn te veroorzaken. Echter, de autorisatie van Kapitein Keyes is nodig om het schip te vernietigen, waardoor Master Chief en Cortana terugkeren naar het inmiddels door de Flood geïnfecteerde Truth and Reconciliation om hem te zoeken. Wanneer ze Keyes uiteindelijk vinden, is hij echter al te ver geïnfecteerd door de Flood. Master Chief haalt Keyes' neurale implantaten rechtstreeks uit zijn hersenen en trekt zich terug naar het Pillar of Autumn, waar Cortana de zelfvernietigingssequentie activeert. 343 Guilty Spark verschijnt echter opnieuw en zet de aftelling uit, terwijl hij tegelijkertijd het record van de menselijke geschiedenis ontdekt. Master Chief destabiliseert manueel de fusiereactoren van het Pillar of Autumn, en hij en Cortana ontsnappen ternauwernood aan de vernietiging van de ring via een gevechtsvliegtuig. Cortana scant de omringende ruimte en ontdekt dat ze schijnbaar de enige overlevenden zijn. Zij rechtvaardigt de offers van de andere mensen op Halo, met de woorden dat ze geen keus hadden vanwege de dreiging van Halo, de Covenant en de Flood. Cortana gelooft dat het voorbij is, maar Master Chief vertelt haar dat ze net aan het begin staan. In een korte aftitelingscène wordt 343 Guilty Spark gezien die vlucht uit de vernietiging van Halo en verdwijnt in de onbekende diepten van de ruimte.